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內毒素(endotoxin)也叫脂多糖(lipopolysaccharides)，是革蘭氏陰性菌細胞壁的主要成分。內毒素既有非極性的帶負電荷類脂A的大分子，還有一個親水性的寡糖核，具有疏水和親水雙重性質。脂多糖與DNA或蛋白質的結合非常牢固，容易被共同純化。制備質粒DNA和重組蛋白時，細菌破壁之后釋放的大量脂多糖無論是離子交換、凝膠排阻過濾等一般程序還是氯化銫超速離心等高級制備程序都無法去除干凈。脂多糖具有強烈的免疫活性和細胞毒性并產生復雜的細胞生物學效應，因此大多數情況下會明顯干擾并產生不可預測的實驗結果，如在DNA轉染實驗中，內毒素競爭性干擾轉染試劑與DNA的結合，無論是對原代、傳代細胞還是整體動物均具有顯著的毒性作用，顯著降低轉染效率并降低外源基因表達水平。在特定pH、鹽濃度、溫度條件下，內毒素清除劑(Endotoxin Removal Solution)能與DNA、重組蛋白、以及其它樣品中的內毒素特異結合并通過離心濃縮分布于下層有機相從而得以清除，一般經過3次重復抽提可將內毒素活性降低1,000~10,000倍。